老鼠是蚂蟥的主要天敌，它们常会大量吞食蚂蟥。此外，蚂蚁对蚂蟥的卵和产卵期的蚂蟥构成威胁，因为蚂蚁会攻击这些较为脆弱的生命阶段。
水蜈蚣虽然很少吃蚂蟥，但会攻击蚂蟥，给它们造成伤口，从而引发伤口细菌感染直至死亡。
