纯种日本锦鲤的区分主要依据其外观特征和体态。首先，观察眼睛之间的距离，两只眼睛相隔较宽通常意味着锦鲤会长得比较大。其次，注意头部长度，从胸鳍基部到吻端应足够长。再者，看眼睛和嘴巴的距离，过短可能形成三角形头，这不是理想特征。此外，优质的色质和匀称的花纹也是鉴别纯种锦鲤的重要方面。
最后，硕大的身体也是纯种日本锦鲤的一个显著特点。综上所述，通过综合考虑这些特征，可以较为准确地判断是否为纯种日本锦鲤。
